Eu tenho alguns arquivos (que estão no formato .bam (binário)) para baixar de um local. Eu posso baixá-los usando o wget e depois extrair apenas algumas informações específicas deles. Para isso eu uso samtools. O que eu quero saber é, existe uma maneira que eu posso na mosca, extrair o que eu quero do arquivo bam para que eu não precise baixar o arquivo bam inteiro e depois extrair o que eu preciso e, em seguida, excluir o original arquivo bam.
Os comandos usados são
wget link.bam
samtools view -h chr1 link.bam | samtools view -bS > condensed.bam
Isso pode ser feito sem baixar o arquivo bam original inteiro no meu disco rígido. Eu quero fazer isso porque tenho pouco espaço e esses arquivos são enormes.
Espero ouvir de vocês.
Obrigações
O método padrão é wget -O- _url_ | samtools view -h chr1 - | samtools view -bS >condensed.bam . Caso você não tenha certeza, isso é um O para saída, não um zero.
Outra etapa de otimização pode ser obtida se você souber quantos bytes são relevantes para o próximo pipeline. Digamos que samtools precise apenas dos primeiros 1352 bytes. Você pode fazer isso usando curl (de acordo com esta pergunta / resposta , wget tem um bug.)
curl -r 0-1352 | ...