Eu acho que sua melhor aposta é provavelmente envolver um script (shell script, por exemplo) em torno do pacman, que cuida da configuração das coisas.
Há alguns detalhes em falta na sua pergunta, mas vou supor que o seu repositório não está acessível na internet e apenas na sua LAN local, mas o software é licenciado por usuário (e não para o site inteiro), então você precisa limite quais pacotes podem ser instalados por diferentes usuários.