Eu encontrei o mesmo problema independentemente para o MEncoder Redxii-SVN-r37239-4.8.3 e o VitualDub 1.10.4. Parece um problema do arquivo de vídeo, não do software. Talvez você considere usar a mesma imagem 3 vezes seguidas com fps = 3 para terminar com um filme efetivo de 1 fps.
Melhores regs
Andy