Um problema que é bastante provável de acontecer com apenas pegar um binário pré-compilado (por exemplo, do mipsel do Debian) é a incompatibilidade de bibliotecas necessárias, necessárias ao binário e às bibliotecas que o seu sistema tem disponível.
Em particular, no Debian, nós tentamos tanto ter tudo dinamicamente vinculado, o que significa que as versões da biblioteca são importantes (para ser mais específico, as bibliotecas SONAME devem ser as mesmas, para o binário funcionar).
Você pode tentar determinar quais bibliotecas estão disponíveis em seu sistema e sua versão e ver se existe alguma versão do mkvtoolnix que use algo próximo a uma espécie de busca binária com o Arquivo de instantâneos .
Se você não tiver sucesso nisso, então você pode querer cross-compilar o mkvtoolnix você mesmo e minha solução preferida para isso seria usar debootstrap com a emulação de usuário do qemu para criar seu ambiente mipsel" semi-nativo ".
Então, você pode continuar a compilar os programas de uma maneira regular (isso tornará sua vida mais fácil se você tentar pegar o código-fonte do Debian para os pacotes que você quer e usar, por exemplo, debuild ).
E, para ter 100% de certeza de que você não terá problemas com bibliotecas, você pode vincular estaticamente seu binário mkvtoolnix, para torná-lo o mais autônomo possível.