Este parece ser um problema no servidor vnc.
Quando usei tigervnc no servidor, o problema desapareceu.
Eu tenho um servidor Ubuntu executando vnc4server e gnome-session.
Quando efetuo login remotamente usando o VNC, parece que a tecla do Windows está presa. Isso ocorre com vários clientes VNC (ultraVNC / realVNC no Windows) e eu tentei de outras caixas.
Ter a chave do windows presa efetivamente desativa o uso para cima / para baixo, já que o Windows Key + Up e o Windows Key + Down estão limitados a maximizar e minimizar a janela em que você está.
Este parece ser um problema no servidor vnc.
Quando usei tigervnc no servidor, o problema desapareceu.