Meu colega de trabalho instalou o ubuntu e teve sua conexão de rede interrompida de maneira semelhante à que você descreveu. Ele rastreou o problema para usar o wireless n (sua conexão de rede era através de uma placa USB sem fio que usava um chipset Atheros). Depois que ele transformou o roteador sem fio em misto (em vez de usar o wireless n exclusivamente), esse problema desapareceu.
YMMV.