Todo mundo usa o que acha melhor para uma determinada tarefa. Isso é quase completamente individual, não pode haver uma resposta geral.
Os usuários do Linux não precisam aprender as operações do shell se não quiserem (e não se deixem levar por alguma situação). E o contrário: é possível executar todas as tarefas necessárias usando apenas a linha de comando (sem gerenciadores de arquivos ou GUIs). Tudo depende do que você (pretende) usar seu sistema.