Para remover a quarta coluna,
$ cut -d, -f4 --complement example.csv > input.csv
Ajuste a opção -f para corresponder ao número da coluna.
Se o arquivo CSV for mais complicado, você pode usar algum perl e o pacote Text :: CSV,
$ perl -MText::CSV -E '$csv = Text::CSV->new({binary=>1}); while ($row = $csv->getline(STDIN)) { print "$row->[0],$row->[1],$row->[2]\n" }' < example.csv > input.csv