O Perl também precisa de \r
.
perl -pi -e 's/^M//g' file1
^^ - should be \r
Embora, na verdade, você provavelmente apenas queira manter os finais de linha.
perl -pi -e 's,\r\n,\n,g' file1
Embora na verdade - você não precisa de perl para isso. sed
é perfeitamente capaz:
sed -i.bak -e 's,\r\n$,\n,g' file1