Você pode criar um arquivo .desktop:
$ cd Desktop
$ touch eclipse.desktop
Abra o seu editor de texto favorito (gedit, por exemplo):
$ gedit eclipse.desktop
Adicione isto ao arquivo:
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Name of your application
Icon=/path/to/icon
Exec=/path/to/application
Por fim, torne-o executável:
$ chmod u+x eclipse.desktop
O resultado final deve ser algo como: