Eu acho que o que você quer é algo assim:
xargs -n1 -d'\n' jar xf <list
Em que list
é o nome do arquivo que contém entradas.
Não sei ao certo o que você quer dizer com enviar as saídas para outro arquivo. Se você quiser um registro do que o comando jar
imprime no console, você pode anexar um argumento >out.log
no final.
(A opção -d
está lá, no caso de nomes de arquivos conterem espaços e são listados um por linha.)