O problema é que cada usuário tem limites. Entre esses limites, o arquivo aberto limita o número de recursos que você pode solicitar ao SO.
Tudo é um arquivo no UNIX: soquete, pipes, arquivos reais, seu monitor, etc.
Algo está abrindo muitos arquivos. Descubra por que, usando um comando como "fstat" ou "lsof", ele listará todos os arquivos abertos. Espero que você seja capaz de resolver isso e encontrar o processo que tem sido responsável por isso. Cace isso. Você também pode pesquisar "fusor" se quiser verificar se um arquivo específico é aberto facilmente.
Caça feliz.