Encontrei a solução em esta página . Para resumir, depois de configurar o sftp de acordo com a configuração acima, os dois comandos a seguir precisavam ser executados para permitir o acesso com o SELinux ativado:
setsebool -P ssh_chroot_rw_homedirs on
restorecon -R /home/$USERNAME
Neste caso, o segundo comando seria restorecon -R / home / pilots. Depois disso, o sftp funciona como esperado, mesmo quando chrooted, sem ter que desabilitar completamente o SELinux.