Existem vários motivos pelos quais você pode evitar isso. Alguns são razoáveis, outros não.
O primeiro é o espaço em disco: este é o mais básico. Se um aplicativo depende apenas do Qt, isso não é tão ruim (embora o Qt ainda seja bastante grande). Se um aplicativo depende de parte do KDE, no entanto, é provável que você obtenha basicamente toda a pilha de bibliotecas do KDE, que provavelmente totalizará vários gigabytes de armazenamento (não tenho certeza, já que nunca fiz isso devido às razões Estou listando agora). Isso ocorre porque as camadas que compõem as pilhas do ambiente de área de trabalho tendem a ser interdependentes, e os níveis mais altos da pilha atraem os níveis inferiores. É improvável que os programadores usem apenas os níveis mais baixos da pilha.
A segunda razão é a integração. Se você está executando algo da família GNOME, como o GNOME Shell, o Cinammon ou o MATE, um aplicativo do KDE provavelmente não se integra bem ao seu ambiente. Isso ocorre porque o aplicativo espera que a versão do KDE de coisas como notificações ou a bandeja do sistema esteja presente, em vez da versão do GNOME, e não consegue lidar com a diferença. Portanto, você pode experimentar UIs feias ou o fato de que certas sutilezas sumiram.
O motivo final é o mais religioso e irracional: a pureza. Algumas pessoas acham que se você tiver bibliotecas GNOME e KDE instaladas simultaneamente, você terá destruído a "pureza" do seu sistema GNOME e o sistema operacional foi "sujo" com as bibliotecas do KDE. Esse sentimento não tem base técnica, mas muitas pessoas fazem se sentir assim (incluindo eu, devo admitir) e, portanto, evitam usar as bibliotecas do KDE como dependências (ou, inversamente, evitam usar o GNOME bibliotecas em seus sistemas KDE).