Quando você executa yum sob um usuário não privilegiado, ele usa como diretório de cache o diretório /var/tmp ou o que é definido pela variável TMPDIR da shell. Assim, você pode alterar o comportamento padrão executando yum da seguinte forma:
TMPDIR=/tmp yum check-update
TMPDIR=/tmp yum makecache
Da mesma forma, você pode executar yum para limpar o diretório de cache:
TMPDIR=/tmp yum clean metadata
TMPDIR=/tmp yum clean all
Quando você usa a opção clean all , ignore os avisos sobre arquivos rpmdb, pois o usuário não tem privilégios para fazer isso.
Por fim, você pode exportar a variável TMPDIR para não usá-la repetidamente ao executar yum :
export TMPDIR=/tmp
yum check-update
yum clean metadata