A verdadeira limitação é que a ferramenta fdisk no pacote util-linux não suporta o tipo GPT tabelas de partições, que você pode encontrar em qualquer disco . No entanto, eles são comumente encontrados em discos maiores que 2 GiB, porque as antigas tabelas de partição MBR não são compatíveis tamanhos tão grandes.
A solução mais fácil é, como o erro sugerido, usar apenas o software GNU Parted . Se você ainda quiser ter a antiga interface fdisk style, o pacote gnu-fdisk fornece GNU Fdisk , uma versão alternativa de fdisk que faz suporta GPT.