Aqui está uma maneira com awk :
awk 'c=0;{while(match($0, /§§§/) > 0){c++;sub(/§§§/, c, $0)}};1' infile
Define c onça e, contanto que a linha contenha §§§ , substitui cada ocorrência de §§§ pelo valor de c onça, incrementando a última antes de cada substituição.