Aqui está uma maneira com awk
:
awk 'c=0;{while(match($0, /§§§/) > 0){c++;sub(/§§§/, c, $0)}};1' infile
Define c
onça e, contanto que a linha contenha §§§
, substitui cada ocorrência de §§§
pelo valor de c
onça, incrementando a última antes de cada substituição.