Imho, é uma má ideia dividir o sistema de arquivos de 50 TB em partes menores, porque ele apresenta problemas mais tarde: as partições são muito pequenas ou você precisa usar algo como o LVM para redimensionar suas partições mais tarde . Note que o redimensionamento / encolhimento não é suportado em todos os sistemas de arquivos.
Para a escolha do fs, eu usaria o ext4.