Você não pode realmente excluir a maioria dos arquivos de /proc ou /sys . Eles são interfaces para o kernel, não para coisas armazenadas em um disco, e a maioria das interfaces de kernel é o que o kernel quer fornecer e não pode ser influenciada pela userland.
Cuidado com as exceções possíveis - é incomum, mas é possível que um driver atribua um significado à remoção de um arquivo de um sistema de arquivos do kernel. Este é infamously o caso de evivarfs , que é tipicamente montado sob /sys/firmware/efi/efivars em sistemas que possuem UEFI. Removendo arquivos lá pode brick seu computador, removendo sua configuração de inicialização. E systemd usado para montar o read-write …
Para restaurar os sistemas de arquivos no kernel, basta remontá-los. De fato, rm -rf /proc /sys não os teria removido, porque a maioria desses arquivos simplesmente não pode ser removida, e os pontos de montagem não podem ser removidos contanto que algo seja montado neles. Mas se você, de alguma forma, entrou em um estado em que /proc e /sys não existem mais, você pode recriar os diretórios e montá-los.
mkdir /proc /sys
mount -t proc proc /proc
mount -t sys sysfs /sys
Claro que você precisará de um shell de root. Você ainda pode fazer login como root sem /proc e /sys , mas provavelmente não sem /dev .
Quanto a /dev , normalmente é preenchido pelo udev. Você pode dizer ao udev para recolocá-lo.
mkdir /dev
mount -t devtmpfs -o mode=0755 udev /dev
mount -t devpts devpts /dev/pts
udevadm trigger