Você não pode usar o U2F com o SSH. Houve uma tentativa de implementar isso há dois anos, quando a U2F era algo novo e chique, mas desde então eu nunca ouvi falar sobre isso e não há progresso nisso.
Se você realmente quiser, pode corrigir seu OpenSSH com o patch anexado a esse bug upstream , mas note que pode ter alguns problemas, mesmo que tenha sido revisado por várias pessoas.