Até agora, o multiarch concentrou-se na co-instalabilidade da biblioteca, não tanto na co-instalabilidade do pacote de desenvolvimento; enquanto funciona para alguns pacotes, na maioria dos casos você acaba na situação que está encontrando.
Para o desenvolvimento de arco cruzado, a abordagem recomendada é usar um chroot, seja manualmente com debootstrap e talvez schroot , ou usando ferramentas como sbuild ou pbuilder .