Para o PyCharm em particular, se você for o único usuário no sistema em questão, basta instalá-lo em ~/PyCharm . Como você aponta, as atualizações serão mais fáceis.
Para responder à sua pergunta de maneira mais geral, há realmente prós e contras a serem considerados:
- instalar em
/optcomrootpropriedade geralmente dá acesso a todos os usuários do sistema (é assim que a maioria dos instaladores trabalha); - se o seu
/homefor um sistema de arquivos separado, a instalação em/optevita ocupar espaço lá; - instalar em
/opttambém evita ocupar espaço em seus backups; - instalar em seu diretório pessoal significa que o software é gravável por padrão (o que simplifica as atualizações).
Com relação ao último ponto, se você for o único usuário no sistema, não há nada que o impeça de instalar em /opt e chown o diretório de instalação do software: dessa forma, mantenha-o fora de /home , e ainda é trivialmente atualizável.