Eu tentei duplicar o problema que você descreve. O que eu descobri é que eu tinha dois arquivos de configuração do i3 ao mesmo tempo. ~/.config/i3/config e ~/.i3/config .
No meu caso, editar ~/.config/i3/config não teve efeito porque parece que ~/.i3/config o supera.
É um tiro no escuro, mas veja se você tem mais de um arquivo de configuração, e possivelmente você está editando o arquivo errado.