Você pode usar o comando find para ajudá-lo a executá-lo várias vezes. Deve ser algo como:
find /your_dev_dir -name "contigs.fasta" -exec python quast.py -o quast {} \;
Isso executa o comando em cada arquivo chamado contigs.fasta , que está em /your_dev_dir , ou em um subdiretório desse diretório ou em um subdiretório recursivamente.