Evince recarrega o arquivo pdf se for alterado, então você pode usar um arquivo fictício para sobrescrever com o pdf que você quer mostrar.
# preview dummy file, a blank pdf maybe.
cp blank.pdf dummy.pdf
evince dummy.pdf
# show document1.pdf
cp document1.pdf dummy.pdf
# later..., show document2.pdf
cp document2.pdf dummy.pdf
# restore the default file
cp blank.pdf dummy.pdf