Como você tem usado aspas duplas, qualquer $
-variables será expandida por bash antes que eles atinjam o awk. Esse é o primeiro problema: { print $1, $3 }
expandirá para { print , }
.
Em seguida, a sintaxe do awk que você está tentando usar é /<regular expression>/ { <action> }
: a expressão regular não tem permissão para conter barras não selecionadas, mas $PWD
certamente contém algumas. Essa é a segunda questão.
Você pode tentar algo assim:
"/${PWD//\//\/}/ { print \, \ }"
Isso pede ao bash que substitua quaisquer ocorrências de /
em $PWD
por \/
e também escape dos $
sinais de $1
e $3
para que o bash os deixe intactos.