Como você tem usado aspas duplas, qualquer $ -variables será expandida por bash antes que eles atinjam o awk. Esse é o primeiro problema: { print $1, $3 } expandirá para { print , } .
Em seguida, a sintaxe do awk que você está tentando usar é /<regular expression>/ { <action> } : a expressão regular não tem permissão para conter barras não selecionadas, mas $PWD certamente contém algumas. Essa é a segunda questão.
Você pode tentar algo assim:
"/${PWD//\//\/}/ { print \, \ }"
Isso pede ao bash que substitua quaisquer ocorrências de / em $PWD por \/ e também escape dos $ sinais de $1 e $3 para que o bash os deixe intactos.