Você pode fazer isso com comm (usando bash process substitution):
comm -13 <(find / | sort) <(sort server_dump)
Isso mostrará os arquivos exclusivos do servidor. Para arquivos exclusivos do sistema local:
comm -23 <(find / | sort) <(sort server_dump)
Você também pode querer adicionar a opção -xdev para impedir que ela compare arquivos em outros sistemas de arquivos, como /proc e /sys .