O Apt-get não possui um comando "safeupgrade". Você está pensando em "atualização segura de aptidão"?
Além disso, o apt-get só "sabe" as coisas, porque o sistema de pacotes mantém um banco de dados de todas as mudanças feitas pelos programas do subsistema de pacotes. Quando você faz o download do source, constrói você mesmo e depois o instala, isso não é feito usando o subsistema do pacote, então nenhuma dessas mudanças é registrada em qualquer lugar, então o apt-get simplesmente não pode saber sobre elas.
Se você nunca fez "apt-get install emacs" no seu computador, o subsistema de pacote nunca saberá que o emacs está instalado, então "apt-get upgrade" nunca irá tocá-lo e você estará seguro. Apenas os programas listados em "dpkg --list" serão processados pelo "apt-get upgrade".
Se você fez "apt-get install emacs", é uma história diferente.
Se você fosse esperto o suficiente para usar "./configure --prefix = / usr / local / bin" (e possivelmente alguns outros parâmetros especificando localizações), então os arquivos do seu emacs customizados estarão em locais diferentes do que " apt-get install emacs "carregado em seu sistema, e você terá duas instalações de trabalho do emacs. Então quando você faz o "apt-get upgrade" e há um pacote mais novo do emacs no repositório do que o apt-get colocado lá antes, ele substituirá isso e sua versão personalizada não será tocada.
Se você não usou as opções de configuração ao construir o emacs customizado, ele provavelmente as escreveu em cima, se os arquivos dos emacs empacotados. Mas isso realmente depende de quais opções o mantenedor de pacotes usou quando construiu o .deb para colocar no repositório, então é um pouco imprevisível. Em qualquer caso, qualquer coisa que tenha sido sobrescrita pela sua instalação personalizada será sobrescrita novamente quando você fizer o upgrade do apt-get. Após cada instalação, você terá apenas uma versão funcional do emacs com algumas chances e finalidades estranhas.