Ainda não testei o seguinte, por isso, veja apenas algumas sugestões.
Você pode usar ffmpeg
. Do manual
* You can put many streams of the same type in the output:
ffmpeg -i test1.avi -i test2.avi -vcodec copy -acodec copy -vcodec copy -acodec copy test12.avi -newvideo -newaudio
In addition to the first video and audio streams, the resulting output file
test12.avi will contain the second video and the second audio stream found in the
input streams list.
The "-newvideo", "-newaudio" and "-newsubtitle" options have to be specified
immediately after the name of the output file to which you want to add them.
Você também pode usar mencoder
, por exemplo:
mencoder -forceidx -ovc copy -oac pcm -o output.flv input1.flv input2.flv
Outra opção é talvez flvcat
.
Você também pode tentar avidemux-cli
.