É tratado nos scripts de inicialização, em particular /etc/init.d/checkroot.sh . Após essa mensagem, você deve ser colocado em um shell (ou receber um prompt de senha de usuário único) para executar o fsck.
Ele avisa que há algum erro no sistema de arquivos além do bastante normal (de falhas de energia inesperadas, etc.) e trivial para corrigir erros que o -p consertará automaticamente.
Você pode configurá-lo para fazer o melhor possível para consertar tudo (correndo o risco de comer o sistema de arquivos ou mover partes grandes para lost+found ) editando /etc/default/rcS e definindo FSCKFIX=yes . (Isso corresponde a fsck -y em vez de fsck -p )