Verifique as configurações da BIOS, faça com que a prioridade de inicialização seja assim:
- CDROM
- USB
- Disco interno
Então, se o seu USB não estiver conectado, ele será inicializado a partir da unidade interna. Cabe então ao seu sistema detectar as duas unidades, o único problema que você pode encontrar é a compatibilidade do sistema de arquivos: acessar o ext3 ou qualquer outro FS que o Fedora use no Windows. Acessar o Windows NTFS também pode ser um PITA. Eu recomendo que você use uma partição de troca FAT32 em algum lugar na unidade USB.