Eu tive um problema parecido com o Arch, no meu caso, foi realmente uma configuração sendo sobrescrita com a atualização do último Gnome.
Usando gnome-tweaks em Keyboard & Seção do mouse, Emulação do clique do mouse foi definida como "Fingers". Eu desliguei e liguei a opção "Área", que usa o canto inferior direito do touchpad para um clique direito.
Após este clique direito, funciona como antes.