O mais provável é que esteja a preparar todos os ficheiros que possa indexar. Eu vi semelhante com Kafka mapeamento de milhares de arquivos, mas geralmente a pegada virtual é muito maior (~ 10x) vezes). Você pode executar:
cat /proc/{PID}/maps
(onde {PID} é seu ID do processo do Eclipse) para ver se esse é o caso. Se realmente for o caso, talvez você precise aumentar vm.max_map_count
em sysctl
se a sua área de cobertura virtual for muito grande.