Crie os diretórios de destino:
for d in */*/*;do mkdir -p $(echo $d | sed -r 's:(.+)/(.+)/(.+):///:'); done
Mova os arquivos:
for d in */*/*;do mv $d/* $(echo $d | sed -r 's:(.+)/(.+)/(.+):///:'); done
(esta versão reclamará que não há arquivos nos diretórios criados na etapa 1, você pode melhorar o */*/*
ou criar os diretórios de destino em outro lugar)