Este diretório parece ser criado por pam_sytemd . Se você se sentir à vontade para perder a funcionalidade descrita em man pam_systemd , poderá editar /etc/pam.d/systemd-user e comentar esta linha:
session optional pam_systemd.so
Em seguida, reinicie (ou apenas tente fazer login em uma nova sessão). Eu não testei quais efeitos colaterais esta mudança pode ter, então cuidado!