O que pode dar errado é que você pode perder arquivos. Depende do sistema de arquivos e de como você o acessa, mas na pior das hipóteses, você pode perder o acesso a todos os dados da sua partição linux, embora ainda seja possível recuperar - embora seja difícil e muito demorado - com as ferramentas adequadas . O mais provável é que você possa corromper o arquivo para o qual você escreve, talvez os de ambos os lados, e se você tiver muito pouca sorte com subdiretórios. Como regra geral, eu diria vá em frente e escreva o que você quiser, mas tenha certeza que a) você tem um backup antes de começar, eb) verifique a integridade do sistema de arquivos depois de escrever.
Uma alternativa melhor para você seria formatar a partição ntfs, a qual o linux pode ler / gravar e qual é o formato nativo para o Windows. Como você sabe, é fácil montar partições do Windows no Linux, então por que não apenas gravar em sua partição do Windows e depois copiar o que você precisa quando inicializa com o Linux?