A página de manual para userdel descreve a opção -r , que removeria o diretório home no momento em que você removeu o usuário. Se você não fizer isso, poderá encontrar arquivos sem nenhum usuário conhecido com a opção find -nouser , por exemplo,
find /home -nouser -delete
embora você queira verificar a lista antes excluindo os arquivos:
find /home -nouser -ls
A opção -delete remove arquivos. A remoção de diretórios exigiria um comando diferente, por exemplo,
find /home -type d -nouser -exec rmdir {} \;
(embora alguns usuários patológicos possam ter criado um diretório com espaços em branco incorporados, exigindo mais trabalho).
A propósito, /home é uma convenção , e você pode ter criado o diretório pessoal do usuário em outros lugares.