A edição de inode/directory
em ~/.config/mimeapps.list
ajudou (em um Debian sem qualquer DE, usando somente WM):
inode/directory=spacefm.desktop
(ou pcmanfm.desktop
, ou o que você tem).
Você pode querer ler mais sobre o padrão mimeapps.list
location . Eu fiz symlinks como descrito lá.