Você já tentou adicionar subdir=
às suas linhas git?
Algo parecido com isto?
SRC_URI = "git://<git_repo_uri>;protocol=ssh;rev=<revision>;subdir=first_repo \
git://<git_repo_uri>;protocol=ssh;rev=<revision>;subdir=second_repo \
file://<some file to grab>"
Parece que houve algum bug contra essa funcionalidade em algum momento ( link ), então sua milhagem pode variar dependendo de qual versão do Yocto você está usando.