Resumindo: Contanto que você use o gerenciador de pacotes que vem com sua distribuição Linux, você não pode alterar o local onde os binários estão instalados. No entanto, os caminhos de instalação seguem uma convenção estabelecida há muito tempo (com pequenas diferenças entre distribuições).
Se você constrói pacotes por conta própria, você poderia, em teoria, escolher o prefixo de instalação, mas geralmente partir das convenções vem com algum tipo de penalidade (leia: É uma má idéia se você não sabe exatamente o que você está fazendo).