"Instalando como usuário root" não é necessariamente uma coisa ruim, especialmente se eles forem instalados usando gerenciadores de pacotes. Por exemplo, instalar o mysql no CentOS via yum, criará um usuário mysql e o processo mysql será executado como aquele usuário.
Para começar, veja isto: link . Se você tiver perguntas específicas, publique-as em uma nova pergunta aqui ou no serverfault.com.