É possível que o (s) arquivo (s) em questão não puderam ser reconstruídos pelo fsck que eles foram excluídos. O programa fsck apenas tenta reparar e tenta reconstruir arquivos o máximo possível. No entanto, não é de forma alguma qualquer tipo de backup. Qualquer ação executada pelo fsck não é basicamente reversível.
Eu seria muito cuidadoso ao tentar usar partes de um banco de dados MySQL contido em um diretório lost + found, pois um banco de dados não está contido em um arquivo, mas muitos arquivos que devem estar em "sync" para ter alguma esperança de banco de dados recuperação em um modo em que há qualquer tipo de confiabilidade ou integridade de dados.
Quanto à recuperação de arquivos, desculpe, você terá que voltar para os backups que presumivelmente você fez desde que os dados foram importantes. Caso contrário, você está realmente sem sorte.
Se os dados forem tão importantes, você poderá tentar obter a ajuda de um dos muitos serviços de recuperação de dados. É caro e os resultados são menos que perfeitos.