O primeiro parâmetro correspondente é aplicado. Mude a ordem das seções.
Host github.com other-exception.example.com
ControlPath none
Host *
ControlMaster auto
ControlPath ~/.ssh/%r,%h,%p
ControlPersist 30m
Isso é mencionado na ssh_config
página do manual, mas não muito claramente:
For each parameter, the first obtained value will be used. The configuration files contain sections separated by “Host” specifications, and that section is only applied for hosts that match one of the patterns given in the specification.