PermGen space is used for things that do not change (or change often). e.g. Java classes. So often large, complex apps will need lots of PermGen space.
Fonte: link
Se o minecraft for iniciado com um script de shell, procure uma linha parecida com esta:
java -Xmx1024M -Xms1024M -jar minecraft_server.jar nogui
Adicione uma nova configuração de java ao tamanho máximo do perm:
java -Xmx1024M -Xms1024M -XX:MaxPermSize=128M -jar minecraft_server.jar nogui