Você parece ter alguma versão do cron que espera um parâmetro user-name antes do comando. É mesmo no cabeçalho, apenas um pouco escondido :
* * * * * <user-name> <command to be executed>
Tente isto (substitua root por qualquer usuário que o php / apache execute):
* * * * * root /usr/bin/php /var/www/html/directory/file.php
Além disso, observe que algumas distribuições têm configurações php.ini separadas, dependendo de sua utilização via linha de comando (cli) ou módulo apache, etc. Então, se você tiver mais problemas, verifique se seus arquivos php.ini correspondem (verifique /etc/php ).
Atualizar
Para caminhos absolutos para o trabalho, inclua os seus assim:
include __FILE__ . '../inc/databases.php';
Observe o __FILE__ adicionado, que retorna o caminho absoluto para o script atual em execução. Você terá que atualizar todos os include e require .
Eusinceramentenãovejooquehádeerradocomessescript.Entãoeufuiverificaroslogseeuentendiisso;