Não há nada de especial no diretório inicial de um usuário que torne as permissões diferentes. Afinal, as permissões são tratadas pelo kernel, e o kernel não tem nenhum conceito de diretório inicial.
O diretório pessoal de um usuário geralmente pertence a esse usuário. Uma ACL para o proprietário do arquivo é ignorada, os bits de permissão clássicos para o proprietário (definidos por chmod u=…
) se aplicam em vez disso. Eu acho que isso é o que este documento está ilustrando de uma maneira desajeitada.
Se você criar um diretório pessoal de um usuário que não seja executável por esse usuário, ele será deixado no diretório raiz quando efetuar login.