Um caminho:
awk 'NR==FNR{a[$0];next}$0 in a{printf "#";}1' fileB fileA
Explicação:
NR==FNR{a[$0];next}
= > O awk lê o arquivo em um array.
$0 in a{printf "#";}
= > Se qualquer linha de arquivo A corresponder a algum conteúdo da matriz, coloque um # no começo.
1
= > Imprima cada linha de arquivoA
Usando sed:
$ x=$(sed -e :a -e 'N;s/\n/\|/;ta' FileB)
$ sed "s/$x/#&/" FileA
O primeiro comando sed prepara uma string onde todas as linhas são unidas como uma string e são delimitadas por um "|" e armazenado em $ x. O segundo sed insere um # no início para uma linha correspondente a qualquer um dos padrões armazenados na variável $ x.