Quase certamente o feh está carregando o plano de fundo, então algo mais está redefinindo o plano de fundo X durante o restante do processo de inicialização. Eu suspeito que isso tenha a ver com o fato de você estar acionando o daemon gnome-settings. Isso inicia uma cadeia enorme de coisas que incluem a configuração do plano de fundo e outras configurações da área de trabalho, como renderização de fonte. Você deve remover seções do seu script de inicialização até encontrar o que está redefinindo o seu plano de fundo, mas eu tenho quase certeza que você descobrirá que ele é o daemon gnome-settings.
Você pode contornar isso colocando um atraso no lançamento do feh para que o gnome-settings-daemon seja feito para tocar as coisas.
(dormir 2; feh --bg-fill ~ / wall.jpg) &