Mesmo se ambos os sistemas funcionarem, uma vez que você tem menos de 4 Gb de RAM, não se beneficiará do uso de 64 bits. Mesmo ao contrário: seu sistema operacional usará um pouco mais de memória (ponteiros de memória maiores). Mesmo que amd64 possa funcionar, eu acho que é melhor ficar com i386 no seu caso, isso ainda é um pouco mais testado, e tem a vantagem adicional de que alguns aplicativos (geralmente aplicativos de código aberto como flash / skype) funcionam melhor em i386 .
Eu vejo apenas uma possível desvantagem: um sistema compilado para o amd64 usará mais algumas otimizações específicas do processador e, portanto, pode ser um pouco mais rápido para algumas tarefas. Mas para os pacotes em que você provavelmente notará a diferença, essas otimizações podem estar presentes em uma compilação i386 de qualquer maneira.