O que está sendo dito é que apenas várias bibliotecas ffmpeg estão sendo removidas, porque nenhum outro pacote as referencia.
Se você fizer isso ...
apt-get install ffmpeg
Então faça sua remoção, então essas bibliotecas permanecerão ... talvez ...
Houve um certo período de tempo em que o ffmpeg foi (tolamente) removido dos repositórios. Agora, felizmente, está de volta.
Dependendo de exatamente com quais pacotes você está trabalhando em Jessie, produzirá resultados diferentes.
Se você mudar para o Ubuntu mais recente, você terá um conjunto completamente diferente de ações, porque o código ffmpeg poser (minha opinião) foi removido agora + true / real O ffmpeg agora retorna novamente.
Com Jessie, se bem me lembro, o código de poser era call aconv ou algo similar, então se você tentasse instalar o ffmpeg em alguns pontos você receberia uma mensagem dizendo para instalar o aconv ou o ffmpeg poderia ter sido um pacote virtual apontando para aconv. Esse absurdo foi muito confuso por muitos anos.
Apenas tenha em mente. O sistema APT sabe o que está fazendo + apenas remove pacotes órfãos quando eles não têm mais referências.
Portanto, se um pacote for sinalizado para remoção, seja qual for o motivo, o pacote deve ser removido (não tem referências).